朱载坖的改革主要是为了提高官军的战斗力，保障官军的待遇，之前由于大明军制混乱，往往出现的情况是：“主兵不足，增以募兵，募兵不足，增以客兵，调集多于往时而坐食愈众。屯粮不足，加以民粮，民粮不足，加以盐粮，盐粮不足，加以京运，馈饷溢于常额，而横费者滋甚。”

各种不同的军制，导致的结果是就是看似朝廷在九边军镇屯驻了六十多万大军，实际上能用的有多少？大部分朝廷的饷银和军储并没有落入士卒的手中，反而被各级将校和官员们层层瓜分了，朱载坖决心要改变这种情况，永乐时九边不过二十四万人，多亦不过四十万，现在大明在九边屯驻六十万大军，其中到底有多少空额，只有天知道。

统一军制的另外一个目的就是统一营制，大明之前的营制混乱，一镇、一协一营到底有多少人，从无定制，全凭总兵心情，需要多少士卒，应该编制多少兵器，步兵、多少、骑兵多少、战马多少、火炮多少，从无一定之规，这是朱载坖要改变的事情。

朱载坖现在就是要统一编制，这样才方便官军的指挥调度和训练，同时诸军兵种合同训练，培养官军步炮骑协同作战的能力，戚继光之前在蓟镇搞的车炮营就很有参考价值，朱载坖的意思以蓟镇车炮营为蓝本，制定一个编制制度，主要是两种编制，步炮骑合编合训的常设协，还有就是单独的骑兵单位，以骑兵为主要的作战力量，编制骑兵、炮兵等作战力量。

朱载坖认为，最大的单位就是镇了，一镇下设若干协和标，骑兵以标为单位编制，骑兵每标为一千五百人，其中骑兵一千二百人，还是兽医、骑炮十八门，骑炮有官军的三斤、四斤火炮改造而来，尽可能的轻便，以能够使得炮兵能够跟随骑兵行动，提高他们的机动能力。

而步骑炮合编的每协，则有六千五百人，由两标步卒四千人，一标不带骑炮的骑兵一千二百人，一标炮兵辖 3 营 1728 人， 计 1756 人。 炮54门和一标辎重兵八百人，大车一百八十辆所构成，协是官军主要的作战力量，一镇官军有各协和独立的各骑兵标组成。

协的长官就是参将，独立骑兵标的长官都是游击将军，若干协和独立骑兵标就构成了一镇官军，这样的话，这一镇官军就全都是野战全训部队，可以随时拉动，不管是支援边堡还是出边征讨蒙古人，都是全部拉动的。

这样一来，镇-协-标-营-队-排-伍的指挥体系就顺畅了起来，在京师，有练兵军务处给五军都督府下达命令，五军都督府负责对各都司卫所进行管理，而各镇官军，直接由皇帝通过练兵军务处指挥，加强朝廷对于军队的控制。