发行军币一事搞定之后，刘錡终于下定决心，召集所有高级军官开会，彻底放弃了繁琐的宋廷武官制度，按现代军制进行了改革。

首先，刘錡成立“元帅府”，自封“大元帅”，并重新整合了战区，按政区分为陕西、甘肃、宁夏三个战区，战区最高军事长官为战区司令，每个战区下辖三个军，每个军下辖三个师，每个师下辖三个团。

每个团各配属步兵、火枪、骑兵、特种、后勤辎重五个营。步兵营下辖三个步兵连，火枪营下辖三个火枪连，骑兵营下辖三个骑兵连，特种营下辖一个炮兵连，一个侦察连，一个特务连，一个警卫连，一个通讯连，每连一百人。加上后勤辎重营六百人，合计每个团两千人。

每个师三个团六千人，再加配一个直属骑兵团一千人，共七千人。

每个军三个师两万一千人，再加配一个直属骑兵师三千人，一个直属炮兵团一千人，一个直属辎重团两千人，共两万七千人。

一个军区三个军八万一千人，加配一个直属加强警卫师九千人，共九万人。

三个战区二十七万人，加上“元帅府”直属禁卫军，三万人，兵员合计三十万。

这次整编把辅兵中的部分精锐，直接编成了正兵中的后勤辎重部队。剩下的辅兵作为保安军，负责各地的城防治安工作。

宁夏战区负责宋廷西面、金国西南面方面的军务，司令邵兴。第一军军长吴玠；第二军军长种浩；第三军军长种洌；警卫师师长薛坚。

甘肃战区负责夏国方面的军务，司令王猛。第一军军长康炯；第二军军长翟进；第三军军长曲端；警卫师师长薛刚。

陕西战区负责川蜀、云南方面的军务，司令史斌。第一军军长癿春；第二军军长何藓；第三军军长杨政；警卫师师长刘锐。

元帅府直属禁卫军则由刘錡亲领，下辖第一、第二两个禁卫师和一个教导师。每个师一万人，癿秋和刘仲武的亲兵统领刘贵各领一个禁卫师。教导师的兵员从全军中择优挑选，由刘錡亲自训练指挥，学习使用和配备最新装备，并向全军输送基层军官。

其次，成立的“元帅府”下设军令部、参谋部、后勤部、装备部、情报部、执法部。

军令部负责团以上各级军官的选拔、任免、轮换，部长刘锡；

参谋部负责战略战术的制订和落实，部长李孝忠；

后勤部负责粮草辎重的筹集和运输，部长常同；

装备部负责武器装备的研发、制造和维护，部长胡奎；

情报部负责建设发展间谍网，收集、分析各类情报信息，部长段景住；

执法部负责监督、处理各级军政人员的违法犯罪行为，下辖宪兵部队，部长刘镇。

当然，还有经过多年的训练发展，数量庞大、组织严密、已经无处不在的影卫作为最核心的隐秘组织，负责元帅府的保卫、对各部门官员的监控、情报收集和各种隐秘行动的执行。