永劫回响的危机平息后，宇宙的核心地带突然涌现出大量异常能量波动。阿雷克斯的机械联邦监测到，宇宙微波背景辐射中出现诡异的图案，这些图案拼凑在一起，竟是一个模糊的巨型人脸轮廓；莱娅的灵羽族圣地，守护圣树的根系疯狂生长，树干上浮现出古老的混沌符文，整个星球的灵能开始不受控制地暴走。全宇宙的科学家惊恐地发现，构成万物的基本粒子正在以违背物理定律的方式重组，仿佛宇宙的本源正在发生根本性的异变。

苏尘与洛瑶的力量在这场异变中受到前所未有的冲击。苏尘的混沌之力与宇宙本源产生共鸣，他的身体开始出现裂痕，从中溢出的混沌能量所到之处，空间迅速坍塌成黑洞；洛瑶的星光之力则变得黯淡且不稳定，每一次施展都会引发剧烈的能量反噬，将她的意识拖入无尽的黑暗深渊。两人的意识被强行拽入一个由纯粹混沌能量构成的异空间，这里没有上下左右，没有时间空间，只有不断翻滚的黑色雾霭，从中传来低沉的嘶吼：“一切都将回归混沌的怀抱！”

银河守望者联盟的舰队在试图探索异常区域时，遭遇了毁灭性的打击。战舰刚靠近核心地带，舰体的金属结构就被混沌能量分解成最原始的粒子；船员们的身体开始出现形态扭曲，有人变成了流动的能量体，有人则被压缩成二维平面。薇尔莉特带领的特遣队装备了特制的“混沌抗性装甲”，试图在乱流中寻找突破口，然而装甲在接触混沌能量的瞬间就开始腐蚀，队员们的意识逐渐被混沌同化，变成了无意识的破坏机器。

莱娅发动灵羽族最后的禁术“寰宇本源共鸣”，以燃烧全族生命本源为代价，终于窥探到这场危机的根源。在宇宙诞生之初，十二工匠从混沌中分离出秩序，创造了万物。但被分离的混沌本源并未消失，而是在宇宙核心深处孕育出了“混沌本源具象”——它是所有无序与毁灭的终极化身，认为秩序是对混沌的亵渎，唯有将一切重新归为混沌，才能实现宇宙的“本真状态”。经过无数次危机的积累，混沌本源具象终于突破了十二工匠设下的封印，开始对整个宇宙发动总攻。

阿雷克斯带领科研团队启动“秩序重构计划”，在各个星域建造巨型“混沌囚笼”。他们试图用机械联邦的最强力场束缚混沌能量，用灵羽族的净化圣歌安抚暴走的本源。然而，混沌本源具象不断释放出更强大的混乱波，囚笼在接触到混沌能量的瞬间就开始崩解，圣歌也被扭曲成加剧混乱的魔音。普通星球上，火山喷发着混沌火焰，海洋沸腾成黑色的能量漩涡，所有生命都在这场混沌风暴中苦苦挣扎。