雷掣的机械军团在巡逻时，发现了更可怕的真相。被黑色孢子感染的机械体并未彻底毁灭，而是重组为“逆熵机甲”，这些机甲不仅拥有自我意识，还能吸收其他机械体的量子核心。雷掣在与逆熵机甲的战斗中，量子核心被入侵，他看到了神秘飞船的内部构造：数以万计的文明标本被浸泡在紫色液体中，而飞船的核心区域，竖立着一块刻满未知符号的石碑，石碑周围环绕着与林羽剑上相同的暗金色物质。

全宇宙文明联合议会陷入信任危机。秩序派指责混沌派故意释放神秘势力，混沌派则揭露秩序派早有独裁野心。调和派试图平息纷争，却发现议会大厅的穹顶正在渗出暗金色黏液，黏液凝聚成文字：“文明的傲慢，终将反噬自身。”就在三方势力即将爆发内战之际，沈梦璃破译了黏液中的信息——这是来自命运织机的最后通牒，若文明不能在三日之内给出“存在的意义”，织机将启动最终清算程序。

林羽带领守护者们兵分多路。他与沈梦璃前往银河联邦的秘密基地，试图揭露高层的阴谋；伊璇深入混沌密钥树的意识领域，寻找对抗法则改写的方法；阿岚在破碎的文明镜像中穿梭，试图拼凑出破局的可能性；洛凛则在学院内乱中稳定局势，同时修复古老装置获取更多线索；雷掣带领机械军团突袭逆熵机甲的巢穴，试图夺取石碑的信息。

当三支探险队深入古老文明遗迹时，遗迹突然苏醒，地面裂开无数深渊，从中爬出由暗金色物质构成的守卫者。这些守卫者的攻击不仅能摧毁物质实体，还能抹杀文明的集体记忆。林羽挥舞着被腐蚀的溯光剑，剑刃在碰撞中崩裂，却意外释放出初代观测者封印在剑中的力量；伊璇的混沌密钥树种子在遗迹中疯狂生长，树根缠绕住命运织机的核心，树灵的意识化作千万道光芒，照亮了织机上的古老铭文；阿岚将光明与黑暗分身强行融合，在精神层面与织机的意识展开博弈，用文明的多样性对抗单一的命运逻辑。

在激烈的对抗中，沈梦璃发现银河联邦高层与神秘势力接触的真相：他们为了延续文明，试图献祭全宇宙的可能性，换取在命运织机中的“特殊席位”。而此时，命运织机的清算程序已进入倒计时，宇宙空间开始出现裂缝，无数平行宇宙的碎片从中坠落。林羽高举溯光剑残片，大声疾呼：“文明的意义，从来不是被定义的命运，而是永不熄灭的探索之火！”随着他的呐喊，全宇宙文明的信念之力汇聚成一道璀璨光柱，直冲命运织机。光柱所到之处，暗金色物质开始崩解，神秘飞船发出刺耳的悲鸣，而在宇宙的最深处，一双巨大的眼睛缓缓睁开，注视着这场文明的绝地反击……