宇宙监察署成立后的百年间，表面上维持着脆弱的和平，星学院也逐渐发展成集科研与防御为一体的中枢机构。然而，在看似平静的时空褶皱里，新的危机正在悄然酝酿。沈梦璃在例行检查中发现，宇宙各处的暗物质流动出现异常波动，这些波动以量子纠缠的形式连接在一起，形成一张覆盖整个星系群的隐秘网络。更令人不安的是，监察署的档案库中，关于初代观测者的记录正在被神秘力量篡改。

伊璇培育的新生永恒之树虽已亭亭如盖，却时常在深夜发出呜咽般的声响。树灵传递的意识碎片模糊不清，只重复着“深渊之眼...即将睁开”。她在树根处发现了一些黑色晶体，晶体中封存着扭曲的未来景象：无数文明被吸入一个散发着暗紫色光芒的漩涡，永恒之树在强光中化为灰烬。

雷掣改造后的量子核心出现了周期性的紊乱，每当他靠近宇宙中的某些特定坐标，核心就会自动生成加密信息，这些信息在解析后竟指向银河系最古老的球状星团——那里被初代观测者列为“绝对禁区”。他带领一支机械生命体小队秘密前往调查，却在星团外围遭遇了未知力量的攻击。攻击者的形态如同液态暗物质，能瞬间重组并吸收任何形式的能量攻击。

洛凛训练的新一代守护者在实战演练中，部分学员突然出现意识失控的症状。他们的瞳孔变成暗紫色，手中的共生武器释放出带有腐蚀性质的熵能。经过检测，这些学员都曾接触过一种来自宇宙黑市的神秘药剂，而药剂的成分中，赫然含有微量的熵念种子提取物。

林羽在查阅星学院古籍时，意外发现了一本用特殊星纹书写的日记。日记的主人是初代观测者的助手，其中记载着一个可怕的实验：观测者们曾试图将虚无之主的力量与宇宙的初始能量融合，创造出一种能“掌控命运”的终极存在。实验最终因不可控的后果被终止，但部分实验样本下落不明。

全宇宙文明联合议会再次因资源分配问题爆发冲突，监察署的调解收效甚微。一些激进派文明开始秘密组建军事同盟，他们声称“唯有强大的武力才能抵御未知威胁”，而这个所谓的“威胁”，直指星学院与守护者们。